Доисторическая коллекция включает в себя экспонаты, начиная от Неолита и включая Ранний и Средний Бронзовые века до 170 г до н.э. Здесь же расположены экспонаты, кторые относятся к микенскому и кикладскому искусству.
Сюда входят керамические находки Неолита и до середины Бронзового века, мраморные фигурки с Эгейских островов, которые, несмотря на свое мистическое отображение человека, перекликаются с современным искусством и до сих пор вдохновляют многих художников. Микенскую цивилизацию представляют изделия из слоновой кости, горшочки из бронзы, керамики и выдолбленные из камня. К этой же коллекции относятся стеклянные и фаянсовые предметы, а такжн золотые кольца и печати, которые были обнаружены в подземных гробницах в Вафил и Мессинии. Особый интерес историков и внимание посетителей привлекают две чаши, выполненные из золота и представляющие собой сцену поимки быка.
В Микенскую коллекцию включены известные находки, обнаруженные в XIX веке Генрихом Шлиманном в микенских круглых могилах. Самыми известными из них являются похоронные позолоченные маски, которыми были покрыты лица микенской знати. Видное место занимает и экспозиция, изображающая ребенка с двумя богинями.
